放課後。上条とインデックスは、「ともだち」になった風斬とともに地下街へ。食事をしたり『魔法少女カナミン』コスプレに着替えて撮影をしたりと、インデックスいわくの「ガッコー生活」を楽しんでいた３人だったが、風紀委員（ジャッジメント）の少女に呼び止められる。学園都市に侵入した「テロリスト」捕獲のため、隔壁をおろして地下街を閉鎖するという。即刻避難を命じられ、地下街を移動している途中、３人は奇妙なものを見つける。それは壁に張り付いた眼球──ゴーレム魔術の一端だった。その眼球から放たれた「ぶち殺す」という物騒な言動に、インデックスと風斬を逃がそうとする上条。そんな彼らのその目の前に、美琴とその後輩・白井黒子が現れる。これで避難も無事成功……と思いきや、なぜか上条を巡って美琴とインデックスの「戦い」が始まってしまい……!?