上条の前に現れた赤いシスターはミーシャ＝クロイツェフ。ロシア教会の対幽霊部隊『殲滅白書(Annihilatus)』に所属する彼女は、世界中でおこっている怪現象の大本となった大魔術『御使堕し（エンゼルフォール）』の発生源を探るべく、日本へとやってきたという。時同じくして、『御使堕し（エンゼルフォール）』の人格入れ替えからなんとか難を逃れたイギリス清教『必要悪の教会（ネセサリウス）』のふたりの魔術師も顔を現した。神裂と、そして、上条のクラスメイトでもある土御門。彼は学園都市にスパイとしてもぐりこんでいた魔術師だったのだ。儀式が必要なほどの大きな規模の魔術である『御使堕し（エンゼルフォール）』の術者を探し出すため、上条はミーシャと神裂、土御門の３人と行動を共にすることに。しかし、他の人には違う人間に見える神裂の姿が、とある混乱を巻き起こす──。