インデックスに関わる事件に巻き込まれたせいで、結果的に夏休みの補習をサボることになってしまった上条は、８月下旬になっても、再補習を受け続ける日々を送っていた。学校からの帰り道、自販機にお金を飲み込まれるという「いつもの」不幸に見舞われた彼の前に、常盤台中学に通うビリビリ中学生、御坂美琴が現れる。彼女の披露した「裏技」のせいで自販機を壊してしまい、ほうほうのていで逃げ出したふたりの前に、軍用ゴーグルをかけた奇妙なしゃべり方の少女 ──「ミサカ」と名乗る美琴の「妹」が現れる。それを見た美琴はなぜか態度を豹変させて、御坂妹とともに立ち去ってしまった。そして、家路に着いた上条は、美琴と一緒に帰ったはずの御坂妹に出会って……。