自分たちは美琴のクローンであり、殺されているのは「実験」だと言うミサカ。彼女たち──「妹達（シスターズ）」の正体と行なわれている実験について確かめるため、美琴の部屋を訪れ、彼女が巻き込まれている「事件」に気づいた上条は、美琴のあとを追う。ミサカたちを使って行なわれているのは、学園都市最強の能力者「一方通行（アクセラレータ）」を、「レベル５」から前人未到の「レベル６」に進化させるための実験だというのだ。その実験を止めるためには、「一方通行（アクセラレータ）」を止めるほかないと決意する美琴。ミサカたちが犠牲になるのは、過去に研究のためにＤＮＡマップを提供した自分の行動が原因だという美琴の前に、上条が立ちはだかる。