自らを犠牲にして「妹達（シスターズ）」を助けに行くという美琴は、立ちふさがる上条に容赦なく雷撃を浴びせる。しかし上条は、決して右手を使おうとしない。美琴がなぜそこまでするのかと問いかけると、倒れた上条は意外な言葉を口にする。実験を止めるには、「樹形図の設計者（ツリーダイアグラム）」の出した実験の大前提──「一方通行（アクセラレータ）」が最強という現実をひっくり返せばいい。そのために、自分が戦って彼を倒す、と。ひとりで軍隊を相手にしても笑っていられるような能力者と戦って勝てるはずがないと訴える美琴だが、上条は彼女から「一方通行（アクセラレータ）」の居場所を聞きだそうとする。そのころ、学園都市の西のはずれにある操車場では「一方通行（アクセラレータ）」とミサカの戦いが始まろうとしていた──。