地下街は騒乱の渦中にあった。上条と別行動をとっていた風斬の前に、学園都市に潜入した魔術師・シェリー＝クロムウェルの放ったゴーレムが立ちはだかる。その巨腕がまさに振り下ろされんとした時、小萌先生から彼女の秘密を聞いた上条が駆け付ける。自分はインデックスと一緒にいられる存在では無い、と戸惑う風斬に上条は「ただ友達を助けに来ただけだ」と告げる。この世界にはまだまだ救いがあり、風斬の居場所も簡単に壊れはしない、と──。上条は警備員（アンチスキル）たちと協力して、シェリーのゴーレムを撃退しようと試みる。一斉射撃の隙をついてゴーレムの懐に飛び込み、術者であるシェリー自身に攻撃をかける上条。しかし、成功したかに見えたその決死の一撃は、シェリーは奥の手によって阻まれてしまう。一方、先に脱出したインデックスと美琴は──。