紆余曲折を経て、打ち止め（ラストオーダー）と再会した一方通行（アクセラレータ）。はしゃいで転んだ彼女を手当てするべく薬局に向かった彼の前に、突然、黒づくめの集団が現れる。『猟犬部隊（ハウンドドッグ）』――学園都市の暗部に属する者たちは、予告もなく一方通行に襲いかかる。その中には白衣の男――一方通行の開発に携わった研究者、木原数多の姿があった。『ベクトル操作』を無効化して一方通行を打ち倒した彼は、なぜか打ち止めは自分が回収すると言う。そして逆上する一方通行に、打ち止めの存在する、本当の理由が明かされる……。同じ時。『警備員（アンチスキル）』たちを無力化し、雨の降りしきる学園都市へと侵入してきた者がいた――。